El Puerto de Rethymno es una parte importante del municipio, con una superficie terrestre de 31.000 metros cuadrados y plataformas de 900 metros de longitud. Está ubicado en una ubicación privilegiada en las costas norte y oeste de Rethymno, lo que lo hace fácilmente accesible para los barcos que se acercan al puerto. El puerto ha sido considerado de importancia nacional, ya que promedia alrededor de 230 llegadas de barcos por año.
Este puerto de uso mixto sirve tanto para el tráfico comercial como para el de pasajeros, con todo tipo de carga siendo manejada en la parte oeste del puerto. Además, ocasionalmente se atracan aquí barcos turísticos y hay una báscula con una capacidad de 80 toneladas. El puerto cuenta con cinco plataformas de carga, etiquetadas como A, B, C, D y E, que pueden acomodar hasta cinco barcos a la vez, dependiendo de su tamaño.
Si bien el propósito principal de las plataformas es servir al tráfico comercial del puerto, también se pueden utilizar para atender a barcos turísticos que sean más largos de 150 metros. La plataforma en la posición D es la más adecuada para estos barcos más grandes, debido a su longitud y profundidad.
La estación comercial del puerto tiene una longitud total de 810 metros, con una profundidad utilizable que varía de -6,00 a -8,00 metros. La zona terrestre abarca 26.500 metros cuadrados, proporcionando amplio espacio para operaciones de carga y otras actividades.
En términos de seguridad, el Puerto de Rethymno sigue las pautas del Código Internacional para la Protección de los Buques y de las Instalaciones Portuarias (Código ISPS). Esto asegura que todas las medidas y procedimientos de seguridad necesarios estén en su lugar para proteger las instalaciones del puerto, los barcos, el personal y la carga. Estas medidas están de acuerdo con el Código de la Organización Marítima Internacional (OMI) y tienen como objetivo mejorar la seguridad general en el transporte marítimo internacional.
Ubicado en la región de Rethymno, el Puerto de Rethymno es fácilmente accesible desde el Aeropuerto de Chania, que está a 68 kilómetros de distancia y aproximadamente 1 hora y 6 minutos en coche. También está a solo 82 kilómetros del Aeropuerto de Heraklion, con un tiempo de conducción de 1 hora y 13 minutos. Con su ubicación estratégica y operaciones eficientes, el Puerto de Rethymno es un importante centro para actividades comerciales y turísticas en la zona.